Na wysoczyźnie górującej nad rzeką, na południe od terenów zamkowych, wytyczono działki dla osiedleńców. Późniejsza zabudowa ciągnęła się wzdłuż jednej ulicy, rozszerzającej się w połowie, tworząc w ten sposób rynek (szerokości ok. 30 m, a długości ok. 300 m). Domy o konstrukcji szkieletowej z podcieniami ustawiono szczytami w jego stronę. Jedna pierzeja, wschodnia, nosiła nazwę Wysokich Podcieni, zachodnia – Niskich Podcieni. Równolegle do rynku biegły ulice: na zachodzie – Schuhgasse, gdyż prowadziła do bramy nazywanej od czasów oblężeń szwedzkich Bramą Szewską, na wschodzie – Kratzhammer i Neustadt (wytyczone po 1380 roku). W północno-zachodniej części miasta usytuowana była fara pod wezwaniem św. Jana. Następnym ważnym obiektem był ratusz. Prawdziwa perła gotyckiej architektury municypalnej. Pierwsza wzmianka o malborskim ratuszu brzmiąca „auf dem Rathuze von der Stadt” (na ratuszu miejskim) pochodzi z 1365 roku. Początkowo miasto opasane było niezbyt wysokimi murami spiętymi basztami i wieżami bramnymi: Mariacką, czyli Sztumską, Garncarską (zwaną też Św. Ducha lub Elbląską) i Szewską. Od strony rzeki mury i wał, na którym wznosiły się, wzmocniono skarpami. Od potężnego systemu obronnego zamku dzieliło miasto fosa i mur oporowy zapobiegający osuwaniu się ziemi. Zakaz komtura o stawianiu z tej strony muru obronnego podyktowany był zamiarem roztoczenia całkowitej kontroli nad miastem, co znalazło dramatyczne potwierdzenie w czasie wojny trzynastoletniej i w czasie najazdów szwedzkich w XVII w. W latach 1352-1383 mury obronne podwyższono, a w ciągu wschodnim wzmocniono siedmioma basztami trójbocznymi, otwartymi od strony miasta.
Napływ osadników trwał przez trzy ćwierćwiecza XIV w. i stopniowo ustawał. Miastu nadano charakter rzemieślniczo-handlowy i rolniczy. Cechy te łączyły się i rozwijały dzięki dogodnej żegludze Wisłą i Nogatem do Chełmna, Grudziądza, Torunia i Elbląga, a także do potężnego Gdańska. XIV-wieczny Malbork był miastem średniej wielkości, tak pod względem obszaru, jaki zajmował, jak zabudowy i gospodarki. Handlowano tu zbożem, drewnem, skórami, końmi i winem. Rozwijały się cechy piekarzy i rzeźników, dobre zaś warunki uprawy wynikały z doskonałej gleby i w miarę łagodnego klimatu, jaki panował w delcie Wisły i Nogatu. Życie codzienne w tym czasie nie odbiegało od życia w innych podobnych miastach. w razie niebezpieczeństwa mieszczanom wydawano broń i zbroje z arsenału mieszczącego się w ratuszu. Każdy z członków cechów znał obowiązki obrony murów i baszt w razie oblężenia. Społecznością miejską rządziła siedmio-, ośmioosobowa rada, na której czele stał burmistrz. W skład rady wchodził kompan, czyli zastępca burmistrza, a od 1416 roku zarządca skarbu (kamlarz). Naczelnikiem sądu był sołtys, który wraz z zastępcą przewodniczył dziesięcioosobowej ławie. W mieście było wówczas około 85 domów i 89 budynków gospodarczych.
W latach 1309-1457 Malbork był siedzibą wielkiego mistrza zakonu krzyżackiego i stolicą państwa zakonnego.
W latach 1466-1772 Malbork był stolicą województwa malborskiego I Rzeczypospolitej.
W latach 50. XX wieku zamiast odbudowy Starego Miasta rozpoczęto rozbieranie ruin budynków i wywóz materiałów budowlanych prawdopodobnie do Warszawy i Gdańska. Dało to negatywny efekt dla rozwoju turystycznego miasta, które ma tylko zamek bez Starówki.
Obecnie liczy 40 tyś. mieszkańców, a rocznie odwiedza to miasto ok. 500.000 turystów z całego świata.